Простое решение:

Если победитель закупки находится на УСН, а начальная (максимальная) цена контракта определена с учетом суммы НДС, то в целях оплаты выполненных работ по цене победителя закупки (цене контракта), без уменьшения на сумму НДС, и при этом без выделения НДС следует определить:

«Расчеты за выполненные работы производятся без уменьшения стоимости выполненных работ на сумму НДС, которая выделяется в Актах выполненных работ пропорционально цене контракта, в качестве дополнительно оплачиваемой части цены контракта, взамен сумм НДС. Указанная часть цены контракта предназначена для компенсации исполнителю работ (подрядчику) за приобретаемые им в целях исполнения контракта товары, работы и услуги, а также является дополнительной прибылью исполнителя работ (подрядчика)».

Таким образом, мы заменяем одно понятие «НДС» на  другое новое, но равноценное понятие — «Сумма, уплачиваемая замен НДС».

Данная сумма перестает быть собственно «НДС» в налоговом понимании, а становится просто частью цены контракта.

Примечание: 

Следует учесть, что данная сумма не должна проводиться как «компенсация НДС» или «возмещение НДС», а именно «взамен сумм НДС». Организации на УСН не являются плательщиками НДС и ничего не компенсируют и не возмещают. НДС, который «сидит» в цене приобретаемых им товарах и услугах в учете просто включается в цену этих товаров и услуг и «цена с учетом НДС» или «цена плюс НДС» для упрощенцев и есть цена товара или услуги, которая в полном объеме идет на себестоимость его собственных работ (услуг) для заказчика (без предъявления в последующем возмещения НДС).

Заказчик оплачивает исполнителю работ на основании Акта выполненных работ и Счета, оформляемого на основании Акта, с припиской «НДС не облагается». Счет-фактура не выписывается.

Заказчик включает оплачиваемые исполнителю суммы полностью в состав затрат (без последующих вычетов по НДС).

ОФОРМЛЯЕМ:

Смета — НДС выделен отдельной строкой
Обоснование (расчет) НМЦК — НДС выделен отдельной строкой
Проект Сметы контракта — НДС выделен отдельной строкой

Закупка — победитель на УСН:
Контракт — пишем «НДС не облагается»
(но без уменьшения цены контракта (цены победителя закупки) на сумму НДС)
Смета контракта — выделенную сумму НДС меняем на «Сумма, уплачиваемая взамен НДС»
Форма КС-2 к итогу «Сумма, уплачиваемая замен НДС» и «Всего по Акту» (с учетом данной суммы)
Справка КС-3:
Итого: ____ руб. (сумма из Акта КС-2 с учетом сумм взамен НДС) Сумма НДС: ставим прочерк! не заполняем
Всего с учетом НДС: ставим прочерк! не заполняем
«НДС не облагается»

Подрядчик выставляет заказчику, вместо счет-фактура, счет на оплату по сумме акта с припиской «НДС не облагается». Заказчик оплачивает счет с формулировкой в платежных документах «…НДС не облагается».

P.S. На самом деле самый удобный вариант — это вывести выручку от реализации товаров, работ и услуг по государственным (муниципальным) контрактам из-под режима УСН для соответствующих исполнителей (поставщиков) на УСН при условии раздельного учета. И установить режим общей системы налогообложения для всех исполнителей (поставщиков) по гос. контрактам. И будет всем счастье и не будет споров.
Это предложение требует изменения Налогового законодательства.