Повторяем разъяснение по НДС еще раз, так как поступают вопросы:

В соответствии с Федеральным законом от 27.12.2018 № 502-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» Статья 112 44-ФЗ дополнена частью 54 следующего содержания:
«До 1 октября 2019 года в рамках срока исполнения контракта допускается по соглашению сторон изменение цены заключенного до 1 января 2019 года контракта в пределах увеличения в соответствии с законодательством РФ ставки НДС в отношении товаров, работ, услуг, приемка которых осуществляется после 1 января 2019 года, если увеличенный размер ставки НДС не предусмотрен условиями контракта. Государственным или муниципальным заказчиком как получателем бюджетных средств предусмотренное настоящей частью изменение может быть осуществлено в пределах доведенных в соответствии с бюджетным законодательством РФ лимитов бюджетных обязательств на срок исполнения контракта».

Таким образом для изменения цены контракта необходимо одновременное соблюдение двух условии:
1. Согласие Заказчика
2. Наличие лимита бюджетных обязательств в необходимом объеме

Примечания:
⁃ Основанием для получения согласия Заказчика на изменение цены контракта и заключение дополнительного соглашения является обращение исполнителя работ (подрядчика). Подрядчик обязан направить заказчику предложение заключить дополнительное соглашение на изменение цены контракта.
⁃ Заказчик не вправе принимать решение об увеличении цены контракта без обращения подрядчика.
⁃ Изменение цены контракта оформляется в форме Дополнительного соглашения к контракту.

Расчет новой цены контракта рекомендуется произвести по формуле:

Цнов= (Ц – Сп) × 120/118+ Сп, где
Ц — первоначальная цена контракта с учетом НДС 18% (цена заключенного контракта);
Сп — сумма ранее перечисленных заказчиком средств по контракту до 1 января 2019 года со ставкой НДС 18%, в том числе авансовых платежей.

В Дополнительном соглашении рекомендуем записать:
В соответствии ч. 54 ст. 112 44-ФЗ (Федеральный закон от 27.12.2018 № 502-ФЗ) изложить п. _____ контракта__________ в следующей редакции:
Цена контракта составляет _________________________________________, в том числе НДС.
2. Настоящее Дополнительное соглашение вступает в силу с момента подписания его Сторонами и распространяется на отношения сторон, сложившиеся с 01.01.19 г.

В случае невозможности корректировки или перераспределения заказчиком лимита бюджетных обязательств, рекомендуем предусмотреть данное изменение за счет резерва средств на непредвиденные работы и затраты если заключенным контрактом установлена твердая цена работ, а в составе Сводного сметного расчета (сметы) предусмотрены непредвиденные затраты.

Если Заказчик не согласен вносить изменения в государственный (муниципальный) контракт и подписывать Дополнительное соглашение, или, если сложилась обстоятельства, при которых нет возможности оформить и подписать такое Дополнительное соглашение, то сумму НДС с 1 января 2019 года следует определять, исходя из той цены, которая указана в контракте, по расчетной ставке. Расчетные ставки по НДС применяются в тех случаях, когда сумма налога включена в налоговую базу и ее нужно оттуда извлечь.

По условиям государственных (муниципальных) контрактов НДС уже включен в стоимость т.е. указано «в т.ч. НДС» или «в т.ч. НДС 18%». Таким образом сумма НДС является частью цены контракта, подлежащей оплате государственным заказчиком, и исчислена по ставке НДС 18% (п. 1 ст. 424 ГК РФ). Исполнителю работ (подрядчику) придется исчислить НДС по ставке 20/120 от общей стоимости с учетом НДС.

При оформлении выполнения в актах и справках КС-2 и КС-3 после 1 января 2019 года по переходящим на 2019 год государственным (муниципальным) контрактам, в которых цена определена с учетом налоговой ставки 18 %, НДС следует указывать с применением расчетной ставки НДС 20/120, т.е. сперва определяется выполнение с учетом, учтенной в цене контракта НДС 18%, а потом исчисляется НДС по расчетной ставке 20/120.
118/120 × 20 = 19,67 руб.

По Акту (без НДС) — 100 руб.
По Акту (с учтенной в контракте ставкой НДС 18 % 100*1,18) — 118 руб.
Итого по Акту — 118 руб., в том числе НДС — 19,67 руб
(118*20/120).

В счетах-фактурах расчетная ставка указывается в графе 7 «Налоговая ставка» как 20/120 без указания символа %», а в графе 5 (сумма без налога, всего) пишем 98,33 (118 — 19,67).

ДЛЯ СПРАВКИ:
Союз инженеров-сметчиков не наделен полномочием по официальному разъяснению положений нормативных правовых актов.
Разъяснения положений Федерального закона о контрактной системе, имеющие юридическую силу, вправе давать палаты Федерального Собрания Российской Федерации.
Интерпретация норм Федерального закона N 44-ФЗ, осуществляемая Союзом инженеров-сметчиков, является не официальным общеобязательным разъяснением, а позицией Союза по вопросам применения норм Закона N 44-ФЗ.
Следует отметить, что официальное разъяснение (по сути, толкование) представляет собой разновидность официального нормативного толкования норм права. Разъяснение нормы дается уполномоченным властным органом, ранее ее принявшим.